Localizada no centro da localidade alentejana de Moura, a Igreja de São João Baptista é o melhor exemplar de estilo manuelino existente no concelho, devendo-se a sua construção ao arquitecto Cristóvão de Almeida, durante o reinado de Dom Manuel I que a mandou erguer visto o elevado crescimento populacional do concelho fazendo com que a Igreja de Santa Maria (localizada no interior das muralhas do castelo) se tornasse pequena para a população.
Esta Igreja, construída no século XVI, de planta rectangular, é composta por três naves com abóbada separadas por oito arcos de forma quebrada, assentando as mesmas em dois pilares de forma octagonal. Na capela do lado do Envangelho, em honra de Santa Catarina, foram sepultados Dona Filipa de Moura e o Frei Diogo Vaz Pascal. No seu interior podemos ainda observar a bela composição azulejar sevilhana de cor azul e branca e uma nave principal constituida por enorme púlpito (plataforma elevada utilizada pelo coro) em mármore.
Relativamente ao seu exterior apresenta um portal de entrada bem ao estilo tardio gótico e detalhes manuelinos com as representações características do mesmo, constituído ao centro pelo escudo de Portu
gal e ladeado por duas esferas armilares, e por cima um janela circular.
É ainda constituída no seu lado direito por uma torre sineira, composta por quatro sinos, de arquitectura rectangular, onde se apresenta um varandim (abrigo ou varanda apertada normalmente construído por cima de algumas janelas) ao estilo maneirista com inspiração serliana mandado construir pelo Frei Luís Lopes, e que tinha como função principal a celebração da Eucaristia aos prisioneiros da prisão de Moura.
No inicio do século XVIII, mais concretamente no ano de 1708 este edifício religioso sofreu uma derrocada, na qual se perdeu alguma características originais como foi exemplo o coro alto e a nave central, levando a uma reconstrução do mesmo.
Este edifício, tão característico da cidade, foi classificado como Monumento Nacional através do decreto-lei número 21 355 a 13 de Junho de 1932.
