A taxonomia tem por objetivo classificar os organismos e colocá-los em grupos. Desde a Antiguidade que o Homem sente necessidade de estabelecer uma ordem na Natureza, ou seja, de classificar. Desenvolveram-se, por isso, sistemas de identificação e classificação dos organismos segundo certas normas, atendendo ao extraordinário número de espécies diferentes que existem na biosfera.
Os sistemas de classificação foram evoluindo ao longo dos séculos, e passaram de sistemas rudimentares e práticos a sistemas bastante complexos. Esta evolução resultou do desenvolvimento de técnicas de biologia molecular, as quais permitiram analisar o DNA dos organismos e estabelecer relações filogenéticas entre eles.
O sistema hierárquico, atualmente, usado é o de Lineu, que ao elaborar a classificação dos seres vivos, formou grupos que mostram o grau de parentesco entre eles, já que as semelhanças que apresentavam resultavam desse parentesco. Os grupos que Lineu estabeleceu foram, do menos restrito para o mais restrito: Reino; Filo; Classe; Ordem; Família; Género e Espécie. Foram, no entanto, incluídas categorias intermédias (ex: subfilo, infraordem, etc.).
O Reino representa a categoria taxonómica de maior amplitude.
Lineu, no século XVIII, distribuiu os seres vivos por apenas dois reinos: Reino Animal e Reino das Plantas. Pertenciam ao Reino Animal todos os seres com locomoção (pelo menos durante alguma fase do seu ciclo de vida), desprovidos de clorofila e que se alimentavam de outros animais ou plantas. As células dos animais não apresentavam parede celular. No Reino das Plantas incluía todos os seres sésseis, isto é, sem movimento, providos de clorofila e de parede celular. Neste grupo estavam incluídas as bactérias e os fungos, uma vez que, apresentavam parede celular.
No século XIX, Haeckel apresentou um sistema de classificação baseado em três reinos. Formou-se o Reino Protista. Neste novo grupo juntou-se organismos unicelulares que pertencia ao Reino das Plantas e os protozoários que, anteriormente, estavam no Reino Animal. Este novo grupo estabeleceu-se para resolver várias questões que apareceram com a evolução da microscopia e de técnicas de bioquímica, que detetaram a existência de uma grande diversidade de formas incluídas no mesmo Reino.
Posteriormente, verificou-se que os organismos incluídos no Reino Protista apresentavam uma organização celular bastante variada. Havia seres que apresentavam células com membrana nuclear e outros que não possuíam membranas internas. Copeland propôs assim uma classificação baseada em quatro Reinos. Surgiu-se, assim, o Reino Monera onde foram incluídos todos os organismos unicelulares desprovidos de núcleo, os procariontes. No Reino Protista passaram a ser apenas incluídos os seres com membranas nucleares, os eucariontes.
Em 1969, Robert Whittaker desenvolveu um sistema de classificação que teve por base cinco Reinos. Este novo sistema baseia-se em dois critérios fundamentais: a organização celular (células procarióticas ou eucarióticas) e o tipo de nutrição (autotróficos, heterotróficos por ingestão ou absorção). Neste sistema os seres vivos mais simples e primitivos, os procariontes, foram todos incluídos no Reino Monera, como já acontecia no sistema anterior. E os seres eucariontes foram divididos em quatro Reinos. No Reino Protista foram incluídos apenas seres unicelulares, fotossintéticos ou não. No Reino dos Fungos figuravam seres unicelulares e pluricelulares que apresentavam como tipo de nutrição a absorção após digestão extracelular. Nas Plantas foram colocados apenas organismos pluricelulares fotossintéticos. E no Reino Animal seres multicelulares que apresentavam como forma de nutrição a digestão intracelular ou extracelular.
A formação do novo Reino dos Fungos deveu-se a que todos estes organismos apresentavam características que impediam a sua inclusão nos outros grupos: nenhum fungo é fotossintético, o tipo de nutrição é a absorção depois da digestão extracorporal e a suas paredes celulares não são de origem celulósica.
Inicialmente, as algas unicelulares estavam incluídas no Reino Protista e as pluricelulares no Reino das Plantas. Em 1979, Whittaker atendendo à simplicidade das algas multicelulares colocou-as no Reino Protista. Este reino passou a incluir todas as algas e deixou de ter como característica diagnosticante a unicelularidade e passou a incluir seres multicelulares relativamente simples.
É esta a classificação que é a mais usada nos dias de hoje. Porém, a classificação dos seres vivos nunca está completa, nem aperfeiçoada, e por isso continua em constante alteração, conforme novas técnicas se desenvolvam e permitam novos conhecimentos dos organismos. Nesta linha, em 1970, Carl Woese, propôs que dentro dos procariontes havia dois grupos distintos: as arqueobactérias e as eubactérias. Baseando em estudos moleculares ao nível do RNA ribossómico surgiu, assim, uma nova classificação baseada em seis reinos, amplamente aceite pela comunidade científica. Outras propostas de classificação admitam a existência de outros reinos.
Um nível de classificação superior ao Reino, o Domínio, surgiu nos dias de hoje, e agrupa os organismos em três Domínios, tendo em conta as diferenças moleculares entre as eubactérias, as arqueobactérias e os eucariontes.
O Domínio Bacteria inclui o Reino Eubacteria; o Domínio Archaea inclui o Reino Archaebacteria e o Domínio Eucarya inclui os Reinos Animalia, Fungi, Plantae e Protista.
