Os fungos são classificados no Reino Fungi. São organismos eucarióticos, distinguíveis dos outros eucariontes por possuírem uma parede celular rígida composta por quitina e glicano, e pela substituição do colesterol, na membrana celular, pelo ergosterol, sendo este o principal esteroide nesta estrutura.
A taxonomia dos fungos baseia-se, principalmente, na morfologia e no modo produção de esporos, isto numa visão mais clássica. Aspetos bioquímicos, ultra estruturais e moleculares têm sido cada vez mais empregues na classificação deste grupo, resultando muitas vezes em algumas alterações taxonómicas. O reino dos fungos comporta organismos unicelulares e multicelulares. Uma classificação mais rudimentar divide os fungos em leveduras e fungos filamentosos, esta divisão tem apenas por base a morfologia.
As leveduras são organismos unicelulares que se dividem por fissão. Da célula mãe forma-se uma gema que dá origem à célula filha. Podem formar colónias arredondadas, pastosas ou mucoides quando cultivadas em agar. Os fungos filamentosos são organismos multicelulares, estruturalmente são estruturas tubulares filamentosas, estas estruturas têm o nome de hifas. As hifas alongam as suas extremidades através de um processo designado por extensão apical. As hifas podem ser cenocíticas ou septadas. As primeiras são multinucleadas, as segundas são divididas por septos. Várias hifas mantêm-se unidas formando uma estrutura designada por micélio. Quando cultivados em agar, os fungos filamentosos produzem hifas, denominadas hifas vegetativas, que crescem sobre ou por entre a superfície do meio, podem produzir também hifas que se projetam acima da superfície, chamadas de hifas aéreas. As hifas aéreas podem produzir estruturas especializadas conhecidas como conídios, responsáveis pela reprodução assexuada do organismo. Estes podem ser produzidos por um processo blástico ou tálico. Os conídios são facilmente transmitidos pelo ar e servem para disseminar os fungos. O tamanho, formato e vários aspetos do desenvolvimento dos conídios são usados para classificar os fungos quanto ao género e à espécie.
A grande parte dos fungos tem como principal tipo de respiração a aeróbia, embora haja alguns grupos que sejam anaeróbios facultativos. Os fungos são organismos heterotróficos. Em relação às bactérias têm um crescimento mais lento. Estes reproduzem-se através da formação de esporos, que podem ser sexuados, envolvendo meiose, precedida por fusão do protoplasma e núcleos de dois tipos compatíveis, ou assexuados, onde apenas se dá a mitose. Os fungos da classe dos zigomicetes, arquiascomicetes, basidiomicetes, hemiascomicetes e euascomicetes produzem esporos tanto sexuados como assexuados. A forma do fungo que produz esporos assexuados é denominada de anamorfo e a forma que produz fungos sexuados é chamada de teleomorfo. Em alguns fungos, o estágio assexuado, tem se comprovado tão bem sucedido como um meio de dispersão rápida e adaptação a novos habitats. No passado, estes fungos assexuados foram classificados num grupo artificial, denominado Fungi Imperfecti. Os esporos assexuados consistem em dois tipos básicos: esporangiosporos e conídios. Os primeiros são esporos assexuados produzidos nos esporângios e são característicos de géneros da classe dos zigomecetes. Os conídios são esporos assexuados que surgem sobre estruturas especializadas, nomeadamente observados em fungos do Género Aspergillus e Penicillium.
Os fungos habitam praticamente todos os ambientes da terra e desempenham um papel fundamental no ecossistema, sendo um dos principais decompositores das cadeias tróficas. Muitos são patogénicos para o Homem, sendo responsáveis por várias doenças infeciosas, chamadas de micoses. Também assumem um papel importante na indústria, tanto na produção de antibióticos como na indústria alimentar. Desde a organização taxonómica em 2007, existem sete divisões (filos) dentro do Reino Fungi, são elas: Microsporidia, Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Glomeromycota, Ascomycota e Basidiomycota.
