Primer (o Iniciador Molecular)

Concepto de Primer

Primer o iniciador molecular se refiere a una secuencia de oligonucleótidos, escrita siempre en la dirección 5`→3`, que marca las extremidades de la secuencia de ADN objetivo que se pretende sintetizar. Para tal, son necesarios dos primers: uno complementario a la secuencia de ADN anti-sense (primer sense – forward); y otro complementario a la secuencia de ADN sense (primer anti-sense – reverse). Con otras palabras, la secuencia flanqueada por los iniciadores moleculares o primers es la sección del ADN que se amplifica. Los primers son normalmente usados en Reacciones de ADN Polimerasa en Cadena (Polymerase Chain Reaction, PCR) y una vez formado el complejo, primer y secuencia de ADN objetivo, el ADN polimerasa se une al grupo OH de la extremidad del carbono 3′ del primer (extremidad 3′ OH) para dar inicio al proceso de síntesis. Así, el diseño de primers es un proceso extremamente crítico para el éxito del PCR y deberá tener en cuenta los siguientes criterios:

1. La región del primer complementario a la secuencia del ADN template, deberá ser de 17-28 pares de base (pb). En la práctica, son comúnmente utilizados primers con una longitud de 18-30 pb.
2. El contenido de G+C (Guanina+Citosina) deberá estar comprendido entre 40%-60% (G+C), con distribución homogénea de todas las bases a lo largo de la longitud del primer;
3. La terminación 3` deberá ser G o C, GC o CG;
4. No deberán ocurrir repeticiones invertidas en el primer, o secuencias auto-complementarias con más de 3 pb seguidas, de forma a evitar la formación de dímeros de primers;
5. La temperatura de melting ™ deberá estar comprendida entre 52ºC-62ºC, y la Tm calculada para el par de “primers” no deberá diferir en más de 5 ᴼC.