La estructura funcional es un tipo de estructura organizacional en el cual el criterio utilizado en la departamentalización es el de la división por funciones o áreas de conocimiento como sean (función financiera, aprovisionamientos, comercial y marketing, recursos humanos, producción, etc.). Esta forma de estructura presenta como principales ventajas el hecho de proporcionar la especialización de los trabajadores por áreas de conocimiento, más allá de permitir a definición de pautas de desempeño y facilitar la contratación, la selección y la formación de nuevos trabajadores. En cuanto a los inconvenientes, este tipo de estructura continua, tal como en la estructura jerárquica simple, presenta alguna rigidez estructural y excesiva dependencia de la cima de la jerarquía.
Existen también estructuras funcionales, donde más allá de las relaciones de jerarquía, existen relaciones funcionales entre los diversos departamentos. Este tipo de estructuras a parte de continuar a proporcionar una elevada especialización, facilitar la contratación, selección y formación y la definición de pautas de ejecución, anula parte de los inconvenientes relacionados con la excesiva dependencia de la cima de la jerarquía y con la rigidez estructural. Con esto, pasa a existir una mayor dificultad de coordinación de las actividades, dada su mayor complexidad y la multiplicidad de administradores. Un ejemplo de la aplicación de este tipo de estructuras es el caso de organizaciones con varias unidades fabriles o centros de operación y que optan por la existencia de apenas un departamento en cada área de apoyo (áreas financieras, comerciales, marketing, recursos humanos, administrativas, entre otras).
