O Crime do Padre Amaro é uma obra de Eça de Queirós, publicada pela primeira vez em 1875, 13 anos antes da publicação de Os Maias. Foi uma obra polémica e bastante criticada pela Igreja Católica, uma vez que punha em causa a conduta dos membros desta igreja.
A história desenvolve-se à volta do romance do padre Amaro e a jovem Amélia, questionando o papel da religião e a relação com a mesma quando esta é posta à prova. Ao longo do desenvolvimento da história, várias personagens se juntam a Amaro e Amélia para reforçar este constante debate sobre o papel da fé. Eça de Queirós terá tirado partido da sua posição como administrador do concelho de Leiria para estudar aquele que seria o cenário de O Crime do Padre Amaro.
Após ficar orfão de ambos os pais, Amaro deixa-se influenciar pela marquesa de Alegros e cede ao sacerdócio, apesar de não sentir vocação e de desde cedo sentir fortes impulsos libidinosos. Depois de exercer o ofício de padre numa terra do interior, Amaro é convidado, por influência da marquesa, para se tornar o novo pároco de Leiria. Ao chegar a cidade, é lhe sugerido pelo cónego Dias que fique num quarto alugado na casa da senhora Joaneira, com quem o cónego mantinha uma relação secreta. No quarto abaixo do quarto de Amaro, dorme Amélia, filha da dona da casa. Embora tenha um noivo, João Eduardo, Amélia sente-se imeditamente atraída por Amaro e desinteressa-se cada vez mais pelo próprio noivo. Amaro também se sente atraído por Amélia e cede quando surpreende o cónego Dias e a senhora Joaneira a terem relações sexuais. Amaro perde os escrúpulos e, à semelhança do seu superior, envolve-se numa relação secreta com Amélia, que irá mais tarde gerar uma gravidez, ponto de tensão na história.
Ao descobrir que está grávida, Amélia é aconselhada pelo cónego Dias a casar-se o noivo o quanto antes. Embora inicialmente não concorde com a ideia, Amélia cede quando Amaro lhe propõe continuar com a relação secreta após o casamento. Contudo, João Eduardo desaparece e a solução proposta a Amélia é que fosse para os subúrbios, usando a irmã do cónego, dona Josefa, como desculpa, afirmando ir tratar da enferma.
No momento do parto, Amaro entrega o bebé a uma família conhecida por matar crianças indesejadas. Paralelamente, Amélia cede às dificuldades do parto e morre. Amaro tenta recuperar a criança, mas esta já tinha sido morta. Angustiado, numa tentativa de fugir aos acontecimentos, Amaro saí de Leiria. No final da obra, Amaro volta a encontrar-se com o cónego Dias e ambos relembram os acontecimentos, acabando por concluir que “tudo passa”.
A obra é narrada na terceira pessoa e de forma omnisciente. A obra põe em questão assuntos políticos e sociais, como, por exemplo, o envolvimento dos interesses do clero com o âmbito político (como a transferência de Amaro para Leiria devido a influências políticas). A obra expõe também a medida na qual o meio envolvente influência o indivíduo: Amaro só segue o sacerdócio por influência da marquesa e, embora a forte libido fosse uma característica sua desde jovem, cede aos desejos por ver que nem o cónego se recusava ao prazeres carnais.
O Crime do Padre Amaro é uma das obras mais polémicas de Eça de Queirós e continua a gerar controvérsia nos dias de hoje. Foi adaptada por duas vezes ao cinema, em 2002 pelo realizador mexicano Carlos Carrera e em 2005 pelo cineasta Carlos Coelho da Silva.