A genómica comparativa é uma ciência relativamente recente e que consiste no estudo de similaridades entre genomas. Baseia-se predominantemente em similaridades entre homólogos, constituindo uma potencial forma de identificar genes e descobrir a sua função. Com base na comparação de dois organismos semelhantes pode-se utilizar a homologia que contêm para identificar a localização dos genes do segundo indivíduo com base no primeiro. Outra grande utilidade desta abordagem é a construções de árvore filogenéticas. As diferenças são muito específicas em organismos com um ancestral próximo. Pode-se seguir o percurso filogenético de um gene e organizar os seres em clades segundo o número de genes em comum (salvo exceções causados pela transferência lateral de genes). Também são comparadas várias partes de um mesmo genoma.
A genómica comparativa foi iniciada pela análise generalista do cariótopo (conjunto total dos cromossomas de um organismo), ou seja, o tamanho, forma e número de cromossomas. Contudo, esta abordagem facilmente induzia em erro pois o número, forma e tamanho dos cromossomas não demonstram em si as diferenças ou semelhanças entre os diversos organismos. Mais rigor foi introduzido na descoberta dos marcadores de DNA. Comparações entre marcadores homólogos em diferentes espécies mostraram grandes avanços no estudo do genoma.
Um dos grandes inconvenientes ao estudo da genómica comparativa é a transferência lateral de genes que ocorre principalmente em procariotas e onde há uma grande fluência de material genético entre indivíduos da mesma espécie e mesmo entre indivíduos de estirpes e mesmo espécies diferentes.
A genómica comparativa, quando relacionada com a evolução permite o desenvolvimento de vários campos do conhecimento, nomeadamente: analisar a origem e propagação de doenças e os seus vetores; realizar bioprospeção para produtos farmacêuticos e agrícolas; selecionar o controlo biológico indicado para espécies invasoras e examinar fatores de risco para a conservação de espécies e restauração do ecossistema.
