O Califado Fatímida obteve esta designação porque a dinastia xiita que o governava, Fatímidas alegava, serem descendentes directos de Fátima, filha de Maomé com Ali.
Nos inícios do século X os ismaelitas, facção xiita, localizavam-se essencialmente na cidade síria de Salamiyya. Na época a Síria era o pólo central de outra dinastia que proclamou-se Califado, os Abássidas, muçulmanos sunitas. Embora existisse uma forte rivalidade entre sunitas e xiitas, que perdura até os nossos dias, os Abássidas eram tolerantes tanto com outras religiões como facções do Islão.
A partir de Salamiyya, Ubayd Allah al-Mahdi, fundador do Califado Fatímida, enviava missionários para a conversão ao movimento de xiita de muçulmanos e não muçulmanos, paralelamente procurava bases de apoio politico que permitissem-lhe formar uma dinastia governativa xiita. Foi no Norte de África e na comunidade Berbere que al-Mahadi conseguiu os maiores apoios. Por razões que a historiografia não consegue precisar, abandona a Síria na primeira década do século X.
Fixou-se no Norte de África juntamente com os seus apoiantes, começando o processo de expansão na região, que albergava territórios que estendiam-se de Marrocos até a Tunísia.
Em 969 na governação do terceiro Califa, al-Muizz, o general Jawhar as-Siqilli conquista o Egipto, ainda no reinado deste soberano, o Califado Fatímida consegue estender os seus domínios a parte da Península Arábica, conquistando as cidades sagradas de Medina e Meca, Síria e Palestina atingindo o máximo da sua extensão.
Com a morte de al-Muizz, um dos grandes governantes fatimidas, sobe ao trono al-Hakim, pouco tolerante com outras religiões. Os seus comportamentos egocêntricos e megalómanos fizeram com que considerasse-se um Deus, numa espécie de culto da personalidade que impunha aos seus súbitos.
Este tipo de comportamentos por parte de al-Hakim causou a desfragmentação das concessões fatimidas no Magrebe, ao que aliou-se a consolidação da cidade do Cairo enquanto capital do Califado Fatímida, resultando na fragilização do poder no Magrebe e consequente independência de várias regiões.
Após a tentativa de golpe de estado em 1073, o califa Badr al-Jamal concentrou em si todos os aspectos governativos, passando a acumular com o papel de Califa, o de comandante militar e vizir. Esta tentativa, de controlo do poder não resultou, o Vizir controlava todos os aspectos governativos, o Califa não passava de uma mera figura decorativa e institucional.
O último Califa, al-Adid morreu em 1171, tornando Saladino o Sultão do Egipto e colocando um ponto final no Califado Fatímida.